تنقسم الأمعاء الى قسمين رئيسيين، هما: الأمعاء الدقيقة والأمعاء الغليظة. ويتراوح طول الأمعاء الدقيقة بين 6 و 8 أمتار. تقوم الأمعاء الدقيقة بامتصاص المواد الغذائية التي يتم نقلها الى الدم ومنه الى جميع خلايا الجسم. تقوم الأمعاء الغليظة بتجميع فضلات الغذاء التي لا يحتاجها الجسم وامتصاص الماء منها وطرحها خارجاً. توجد في جدران الأمعاء الدقيقة مئات الملايين من الغدد الصغيرة التي تقوم بتحليل كل أنواع الغذاء. توجد بكتيريا تعيش في الأمعاء الغليظة غير ضارة للإنسان، إلا في حالات فقد المناعة المكتسبة، تقوم بإعادة امتصاص الطعام والماء والأملاح المعدنية.