تنظيف الخضروات جيداً باستخدام مياه نظيفة مهم جداً لأنها تُرش بمبيدات خطيرة قد تلحق الضرر بالصحة إذا لم يتم التخلص منها، مع ملاحظة أن الخضروات التي تزرع تحت الأرض كالبطاطس والجزر غالباً ما يكون عليها طبقة من التربة، لذلك يجب استخدام فرشاة لتنظيفها حتى وإن كنت ستقشرينها. أما الخضروات الورقية كالخس والسبانخ والجرجير فيجب نقعها في الماء والخل أو الملح لمدة لا تقل عن نصف ساعة.
