حذر باحثون من وجود ميكروبات ضارة بالصحة بأفران الميكروويف يمكنها التسبب بأمراض تنفسية ومعوية، وأرجع الباحثون السبب الى عدم تنظيف الجزء الداخلي من الفرن بشكل يومي ووجود بقايا أو فتات الطعام ما يؤدي الى نمو البكتيريا والجراثيم، كما أن أشعة الميكروويف غير قادرة على التخلص من البكتيريا الكامنة بها.
